En abril de 1960, Guatemala rompió relaciones diplomáticas con Cuba a raíz de la llegada al poder de Fidel Castro. En Guatemala se produjeron serios disturbios en julio y de nuevo en noviembre. Ese mes el presidente estadounidense Dwight Eisenhower ordenó que unidades terrestres y aéreas de la Marina de Estados Unidos se estacionaran junto a las costas caribeñas de Guatemala y Nicaragua para prevenir un ataque de Cuba, hecho que ambos países denunciaban como inminente; el ataque nunca tuvo lugar, por lo que las unidades navales tuvieron que retirarse a principios de diciembre.
Violencia política
En marzo de 1963, Ydígoras fue destituido por su ministro de Defensa, el coronel Enrique Peralta Azurdia, quien proclamó el estado de emergencia y canceló las elecciones que se debían celebrar en diciembre. También tomó medidas enérgicas para sofocar una revuelta guerrillera de las Fuerzas Armadas Revolucionarias (FAR), especialmente activa en Zacapa; a pesar de la dura represión, las guerrillas continuaron su actividad. Los grupos paramilitares que, autorizados por el Ejército, asesinaron a cientos de personas durante el periodo del sucesor de Peralta, Julio César Méndez Montenegro (1966-1970), sólo exacerbaron la situación.
Después de una campaña marcada por la violencia, el general Carlos Arana Osorio fue elegido presidente en 1970; cuatro años después fue sucedido por el general Kjell Eugenio Laugerud García. Durante ambos gobiernos la violencia política continuó, aunque se percibió cierta disminución a mediados de la década de 1970. Sin embargo, durante ese tiempo el país fue sacudido por dos desastres naturales, un devastador huracán (1974) y un violento terremoto (1976), que se cobraron más de 20.000 vidas y dejaron a más de un millón de personas sin hogar. A pesar de todo, la economía de Guatemala disfrutaba de un notable crecimiento, estimulado por el aumento de la producción petrolífera y los altos precios del café. El resurgimiento del enfrentamiento civil, provocado por las actividades de las FAR y de los escuadrones de la muerte paramilitares, caracterizó el periodo presidencial del general Fernando Romeo Lucas García, que había sido elegido en 1978.
Golpe de Estado
El 23 de marzo de 1982, dos semanas después de la elección como presidente del general Ángel Aníbal Guevara, un golpe de Estado instaló en el poder a una junta militar encabezada por el general Efraim Ríos Montt. En junio, Ríos Montt disolvió la Junta y asumió la presidencia, gobernando de forma dictatorial. Después de que las fuerzas guerrilleras rechazaran una posible amnistía, las actividades de las fuerzas paramilitares se extendieron por todo el país, perpetrando atrocidades entre los indígenas y campesinos.
La lenta transición hacia la democracia
Ríos Montt fue depuesto de su cargo el 8 de agosto de 1983 después del golpe militar que dirigió el brigadier Oscar Humberto Mejía Víctores, quien restauró las libertades civiles. Los resultados de las elecciones de diciembre de 1985 llevaron al demócrata cristiano Vinicio Cerezo a ocupar la presidencia después de más de 30 años de gobiernos militares. No obstante, Cerezo no fue capaz de suprimir el tráfico de drogas ni de acabar con los abusos a los derechos humanos, aunque progresaron los intentos de diálogo con la guerrilla, con la que se alcanzaron acuerdos en Oslo (Noruega) y en El Escorial (España), que permitieron el desarrollo pacífico de las elecciones presidenciales de 1991 que fueron ganadas por Jorge Serrano Elías, empresario y protestante evangélico íntimamente ligado a Ríos Montt.
Un año después, Rigoberta Menchú, indígena quiché que había huido a México en 1981 para escapar de la persecución del Ejército y de los grupos paramilitares, recibió el Premio Nobel de la Paz por su defensa de los derechos humanos. En mayo de 1993 el presidente Serrano, respaldado por el Ejército, dio un golpe de Estado que supuso la disolución del Congreso y la suspensión de la Constitución; sin embargo, ante la falta de apoyo interno y las protestas internacionales, un contragolpe dirigido por el Tribunal Constitucional le obligó a dimitir.
Ese mismo año el Congreso eligió a Ramiro de León Carpio como presidente de la República para completar el periodo de gobierno. León Carpio, que había destacado por sus denuncias a la violencia institucional, impulsó varias reformas constitucionales como limitar el mandato presidencial a cuatro años, estableció negociaciones con la guerrilla agrupada en la Unidad Revolucionaria Nacional Guatemalteca (URNG) y apoyó la creación de una comisión para delimitar responsabilidades sobre la violencia institucional, que había provocado en las tres últimas décadas más de 100.000 muertos y unos 50.000 desaparecidos; también favoreció el regreso de los miles de indígenas desplazados por la guerra, muchos de los cuales se habían refugiado en México.
En las elecciones presidenciales de noviembre de 1995 resultó triunfador el conservador Álvaro Arzú al frente del Partido de Avanzada Nacional (PAN). En diciembre de 1996, Arzú logró que la URNG renunciara a la lucha armada y aceptara la vía democrática como medio para acceder al gobierno del país. Este hecho, que supuso el fin de 36 años de duros enfrentamientos, le valió el reconocimiento internacional a través del Premio Príncipe de Asturias de Cooperación Internacional (véase Fundación del Principado de Asturias), fallado en mayo de 1997 y que fue compartido entre su gobierno y la URNG.